虽然将胚胎直接放入宫腔内，但胚胎移植后到种植，还有机会游走到输卵管，而输卵管炎症使得胚胎无法正常返回宫腔，为输卵管宫外孕的发生提供可能。输卵管与子宫皆起源于苗勒氏管，两者的着床机制有着相同之处，即输卵管有适宜于胚胎种植的结构，并可以表达种植窗期的一些特异性分子，所以胚胎可以在输卵管种植并继续发育。除盆腔输卵管因素，患者自身的既往异位妊娠史也被认为可以增加宫外孕发生的风险。

 

其次，试管治疗过程中会进行控制性超排（COH），促排药的使用改变了体内的激素水平，影响了胚胎在宫腔的着床，移植后游走进入输卵管。而COH后宫内的高雌环境导致子宫平滑肌收缩敏感性和输卵管肌层节律性收缩幅度增加，输卵管纤毛的活动减弱，使进入输卵管的胚胎不能被及时输送回官腔。

 

另外，也可能与胚胎移植技术及数目相关。有学者认为，胚胎移植技术如注射时压力、注液体积，移植管头的位置等均可与宫外孕的发生有关。移植管位置过深、注入液量过大都会增加宫外孕的发生率。此外，胚胎移植的机械刺激可以引发子宫收缩，也可能将胚胎挤压进入输卵管。

 

囊胚移植与卵裂胚移植对异位妊娠发生率影响的比较虽然也存在争议，但多数研究还是倾向于认为囊胚移植有利于降低异位妊娠的发生率。囊胚移植之所以降低宫外孕的发生风险，主要是囊胚相较于卵裂期胚胎，与子宫内膜的种植窗是相对同步化的，更有利于着床；而且囊胚体积大于卵裂期胚胎，降低了胚胎游走到其他地方的概率。然而，移植囊胚并不能完全避免宫外孕的发生，有数据显示发生率仍为约1%（与卵裂期胚胎比已显著降低），所以胚胎移植后如有异常腹痛或阴道出血发生，建议尽快就诊，以便得到及时准确的判断和合理的处置。